Vampire Knight: Memories là phần truyện nối tiếp trực tiếp từ kết thúc của manga gốc Vampire Knight, được sáng tác và minh họa bởi Matsuri Hino. Nếu câu chuyện ban đầu khép lại trong những nốt trầm đầy mất mát, thì Memories giống như một cuốn hồi ký, mở ra cánh cửa dẫn về cả những ký ức chưa kể và quãng đời sau đó của các nhân vật. Bối cảnh truyện trải dài qua hai dòng thời gian song song quá khứ và hiện tại. Quá khứ, khi Yuki Cross và Zero Kiryu bước vào quãng đời bên nhau. Dù đã vượt qua bao mất mát để tìm thấy nhau, họ vẫn phải đối mặt với ánh mắt nghi kỵ của cả thế giới — từ giới quý tộc vampire đến Hiệp hội Thợ săn. Trong sự khắc nghiệt của những định kiến ấy, hai người lựa chọn cùng nhau xây dựng một mái ấm, lặng lẽ bảo vệ nhau khỏi những âm mưu, nguy hiểm luôn rình rập. Hiện tại, một nghìn năm sau, Kaname Kuran tỉnh dậy từ giấc ngủ dài, nay đã là con người. Anh bắt đầu hành trình mới giữa một thế giới đã đổi thay, và từng bước chắp nối những mảnh ký ức về những người từng là tất cả đối với mình. Giữa hai mạch truyện đan xen là câu chuyện của thế hệ tiếp theo: Ai và Ren — những đứa trẻ sinh ra từ tình yêu và sự hy sinh, mang trong mình cả khát vọng lẫn gánh nặng của quá khứ. Xung quanh họ, những nhân vật quen thuộc như Aido, Yori hay Kaien vẫn tiếp tục bước đi trên con đường riêng, để lại dấu ấn và tình cảm của họ trong dòng chảy thời gian.