Shinji Ikari estuda na Academia Fundação NERV e leva uma vida relativamente normal. Tudo muda em uma noite, quando ele se depara com Rei Ayanami e Kaworu Nagisa fugindo do local de uma violenta explosão. Logo, Shinji é recrutado para se unir a eles e a Asuka Sohryuu Langley na luta contra os Anjos, que assumiram forma humana, para recuperar seus núcleos e sustentar a árvore do mundo, Yggdrasil. Se Yggdrasil morrer, o equilíbrio do mundo será destruído, dando início a um caos em que fluxos paralelos de existência colidirão — levando, inevitavelmente, ao fim de todas as coisas.